Der Haltepunkt Würzburg Süd (als Südbahnhof 1879 eröffnet und heute meist noch so genannt) ist heute als zweitwichtigste Bahnstation eingestuft. Sie liegt an der Grenze der Stadtteile Frauenland und Sanderau bei Kilometer 137,8 der Bahnstrecke aus Treuchtlingen, die dort parallel zum Südlichen Stadtring verläuft. Mit dem Bau dieser Stadtumgehung wurde der im Krieg unzerstört gebliebene Südbahnhof abgerissen.
Der heutige Haltepunkt besteht aus zwei 213 bzw. 204 Meter langen Außenbahnsteigen, die von ihrer Höhe her keine Voraussetzungen für einen barrierefreien Einstieg in die hier haltenden Züge bieten, auch der Bahnsteigzugang erfolgt nicht barrierefrei über Treppen von der Zeppelin-, Grünewald- und Sandbergerstraße aus.
Die beiden Bahnsteige sind mit gläsernen Wetterschutzunterständen, Fahrscheinautomaten, Fahrplanaushängen und SOS-Info-Säulen ausgestattet. Insbesondere im Schülerverkehr morgens und mittags wird der Haltepunkt aufgrund der mehreren nahe gelegenen weiterführenden Schulen stark frequentiert.